本方法耗時較長，約需14天才能出結果。用本方法診斷瘋牛病時必須有較高的專業水平和豐富的神經病理學觀察經驗。在組織切片效果較好時，確診率可達90%.

　　瘋牛病組織病理學檢測方法的主要步驟如下。

　　（1）樣品準備病牛宰殺后，要盡快用特制采樣勺用電鋸或砍刀將牛的顱腔打開取出腦干。腐爛的牛腦不能用于組織病理學檢查。將取出的腦組織立即投入到新鮮配制的10%福爾馬林溶液中固定1周，固定完后在腦閂部、前丘部、小腦后腳部橫切一塊3～4mm厚的組織塊，用新鮮配制的固定液中再固定3天。

　　（2）脫甲醛將固定好的組織塊放人流水中漂洗24h.

　?。?）脫水依次用75%酒精、85%酒精、95%酒精和100%酒精浸泡處理組織塊，使其水分充分脫去。

　?。?）透明脫完水的組織塊用二甲苯浸泡透明。

　?。?）浸蠟與包埋透明好的組織塊立即投入到軟蠟和硬蠟中處理，充分浸透石蠟，然后用硬蠟包埋組織塊。

　　（6）切片將包埋好的組織塊切成5/lm厚的切片，用貼附有黏片劑的載玻片貼片，并放人干燥箱中烘烤玻片，使組織切片貼附更緊，實驗肘才不容易掉片。

　　（7）H.E染色在二甲苯、不同濃度的酒精處理切片后，用哈里斯酸性蘇木精和伊紅處理切片，然后再用不同濃度的酒精和二甲苯處理切片，最后用中性樹膠封片。

　?。?）光學顯微鏡觀察在光學顯微鏡下（10X10、10X20、10X40）觀察切片，被檢樣品腦干灰質區特別是腦閂部位的孤束核、迷走神經背核、三叉神經脊束核、紅接和動跟神經核等處的神經元核周體或神經纖維網胞漿中出現雙側對稱性海綿狀空泡病變，且空袍呈現則的圓形或橢圓形，周邊整齊，則可判定為BSE陽性。在正常情況下，動眼神經核稿紅核處的核周體也可能有少量空泡出現，但不呈雙側對稱，應注意區別。

　　若在腦干灰質區未發現雙側對稱性海綿狀空泡病變，則用免疫組織化學方法做進一步診斷。