肺部感染引起病理改變根據發病年齡分為3個類型：

　　肺部感染伴有全身病變，主要是全身各臟器廣泛受累，而肺部病理改變輕微，多為先天性感染，胸膜、喉、氣管均正常，胸部淋巴結不腫大，僅有少許紫紅色梗死斑樣灶，壓切面有血色液體。鏡下支氣管變化輕微，無潰瘍及壞死。支氣管壁血管充血，肺泡充血和水腫，肺泡間中隔輕度增厚，肺泡炎的病灶內充滿吞噬細胞，肺泡和支氣管腔中有巨細胞，在細支氣管壁和黏液腺中及肺泡周圍發現巨細胞。

　　原發性CMV肺炎，肺組織損害為主要的、或惟一的病理改變。肺組織充血，切面凹凸不平，外觀呈灰黃色，壓之有血樣漿液滲出。鏡下支氣管腔內充滿炎性多核細胞和單核細胞碎片。支氣管壁增厚和充血，肺間質有細胞浸潤。細支氣管周圍黏液腺有單核細胞浸潤，肺泡間中隔明顯增厚，組織細胞增生，肺泡隔間的邊緣發現巨細胞包涵體。典型CMV感染的細胞腫脹很大，核內有巨大的嗜酸性包涵體（或偶為嗜堿性包涵體），有一不染色的暈輪與細胞核膜分開，可見龐大膨脹的細胞核，胞漿內也能看到包涵性。

　　纖維素型肺炎，肺組織呈粟粒樣壞死灶，呈小點狀結節，堅實而有彈性，界限明顯，亦可散在或融合。鏡下病變開始時為分散出血壞死性病灶，肺泡充滿纖維素、紅細胞、成熟粒細胞、組織細胞和細胞碎片，這些病灶腫脹肺泡均含有包涵體，肺泡內常有透明膜改變。若CMV感染為全身性疾病，除肺部病變外，還有肝、腦、腎、消化道、唾液腺、心、腎上腺、性腺、皮膚等均可受累。主要改變為間質性炎癥和灶性壞死，受染細胞大，含有包涵體。嬰兒和成人在疾病上表現不同，不僅是由于他們敏感性不同，而且，與成人以前接觸過病原有關。在嬰兒包涵體主要發生在上皮細胞中，而成人則發現在間葉成分中。接受腎移植的患者，從肺中分離出CMV，表明肺部有感染。有人認為高水平的血清抗體和免疫復合物的存在，揭示變態反應可能參與了發病過程，細胞免疫的抑制亦可能與此有關。