吸收不良綜合征的病因繁多，有多種分類方法，通常按病因及發病機理分為下列幾類：

　　一、 原發性吸收不良綜合征

　　系小腸粘膜(吸收細胞)有某種缺陷或異常，影響營養物質經粘膜上皮細胞吸收，轉運。包括乳糜瀉(coeliac disease)和熱帶口炎性乳糜瀉(tropicsprue)等。

　　二、繼發性吸收不良綜合征

　　(一)消化不良

　　1、胰酶缺乏 如慢性胰腺炎、胰腺癌、胰腺纖維囊腫、胰腺結石、原發性胰腺萎縮等。

　　2、膽鹽缺乏 如肝實質彌漫性損害、膽道梗阻、膽汁性肝硬化、肝內膽汁淤積癥、回腸切除、腸內細菌過度繁殖(腸污染綜合征)。

　　3、腸粘膜酶缺乏 如先天性乳糖酶缺乏癥。

　　(二)吸收不良

　　1、小腸吸收面積不足 如小腸切除過多(短腸綜合征)、胃結腸瘺、不適當的胃腸吻合術，空腸結腸瘺等。

　　2、小腸粘膜病變 如小腸炎癥，包括感染性、放射性、藥物性(新霉素秋水仙素等);寄生蟲病，如賈弟蟲病，園線蟲病等。

　　3、腸壁浸潤病變 如淋巴瘤、結核病、克隆病、whipple病等。

　　4、小腸運動障礙 動力過速如甲狀腺功能亢進等，影響小腸吸收時間，動力過緩如假性小腸梗阻、系統性硬皮病，導致小腸細菌過度生長。

　　5、淋巴血流障礙 如淋巴發育不良，淋巴管梗阻(外傷、腫瘤、結核等)、血液循環障礙(門脈高壓癥、充血性心力衰竭)。

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