增值稅扣稅憑證抵扣期限在《國家稅務總局關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》（國稅函〔2009〕617號）中有明確規定，即增值稅一般納稅人取得增值稅專用發票、公路內河貨物運輸業統一發票和機動車銷售統一發票，應在開具之日起180日內到稅務機關辦理認證，并在認證通過的次月申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。實行海關進口增值稅專用繳款書“先比對后抵扣”管理辦法的增值稅一般納稅人取得的海關繳款書，應在開具之日起180日內向主管稅務機關報送《海關完稅憑證抵扣清單》（包括紙質資料和電子數據）申請稽核比對。未實行海關繳款書“先比對后抵扣”管理辦法的增值稅一般納稅人取得的海關繳款書，應在開具之日起180日后的第一個納稅申報期結束以前，向主管稅務機關申報抵扣進項稅

　　按照上述文件規定，納稅人未在規定期限內認證申報抵扣進項稅的，其進項稅額不得抵扣。考慮到實際執行中的特殊問題，國家稅務總局規定有兩種情況可以繼續抵扣進項稅額，應引起納稅人的注意。

　　第一，增值稅扣稅憑證已認證或已采集上報信息，但未按照規定期限申報抵扣的，根據《國家稅務總局關于未按期申報抵扣增值稅扣稅憑證有關問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第78號）規定，增值稅一般納稅人取得的增值稅扣稅憑證已認證或已采集上報信息但未按照規定期限申報抵扣；實行納稅輔導期管理的增值稅一般納稅人以及實行海關進口增值稅專用繳款書“先比對后抵扣”管理辦法的增值稅一般納稅人，取得的增值稅扣稅憑證稽核比對結果相符但未按規定期限申報抵扣，屬于發生真實交易且屬客觀原因的，經主管稅務機關審核，允許納稅人繼續申報抵扣其進項稅額。

　　客觀原因包括如下類型：

　　1.因自然災害、社會突發事件等不可抗力原因造成增值稅扣稅憑證未按期申報抵扣；

　　2.有關司法、行政機關在辦理業務或者檢查中，扣押、封存納稅人賬簿資料，導致納稅人未能按期辦理申報手續；

　　3.稅務機關信息系統、網絡故障，導致納稅人未能及時取得認證結果通知書或稽核結果通知書，未能及時辦理申報抵扣；

　　4.由于企業辦稅人員傷亡、突發危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續，導致未能按期申報抵扣；

　　5.國家稅務總局規定的其他情形。

　　第二，增值稅扣稅憑證未認證或未采集上報信息，且逾期即超期申報扣稅憑證的，根據《國家稅務總局關于逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第50號）規定，增值稅一般納稅人發生真實交易但由于客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經主管稅務機關審核、逐級上報，由國家稅務總局認證、稽核比對后，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續抵扣其進項稅額。

　　上述所說客觀原因如下：

　　1.因自然災害、社會突發事件等不可抗力因素造成增值稅扣稅憑證逾期；

　　2.增值稅扣稅憑證被盜、搶，或者因郵寄丟失、誤遞導致逾期；

　　3.有關司法、行政機關在辦理業務或者檢查中，扣押增值稅扣稅憑證，納稅人不能正常履行申報義務，或者稅務機關信息系統、網絡故障，未能及時處理納稅人網上認證數據等導致增值稅扣稅憑證逾期；

　　4.買賣雙方因經濟糾紛，未能及時傳遞增值稅扣稅憑證，或者納稅人變更納稅地點，注銷舊戶和重新辦理稅務登記的時間過長，導致增值稅扣稅憑證逾期；

　　5.由于企業辦稅人員傷亡、突發危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續，導致增值稅扣稅憑證逾期；

　　6.國家稅務總局規定的其他情形。