案例：A公司以其持有A1公司51%股權作為支付對價，交換B公司持有的M公司100%股份。A公司持有A1公司51%股份的計稅基礎為1億元，公允價值為2億元，B公司持有M公司股份的計稅基礎為0.8億元，公允價值也為2億元。

　　問題：A公司股權收購后，持有M公司100%股份的計稅基礎按照1億元確定，還是0.8億元確認？

　　第一種觀點，根據59號文件第六條第二款第2項規定，收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定。因此A公司持有M公司股權的計稅基礎應為B公司持有M公司的原計稅基礎0.8億元確定。

　　第二種觀點，應該按照A公司換出股權的計稅基礎1億元確認A公司持有M公司計稅基礎。

　　分析：筆者認為，應該按照第二種觀點，即：按照A公司持有A1公司的原計稅基礎1億元確認，否則A公司換出去了1億元的計稅基礎，確認的只有0.8億元計稅基礎，在特殊性稅務處理環境下，那拿到A公司還要確認0.2億元損失不成？

　　筆者認為59號文件之所以將收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎，一律按照被收購股權的原有計稅基礎確定，是由于59號文件出臺之初，并沒有明確規定A公司以其持有51%股份的A1公司支付也屬于股權支付額的范疇，如果A公司以增資擴股的股份支付，A公司股權收購后按照給收購股權的原計稅基礎0.8億元確認，就毫無問題。因此建議，進一步修改政策為：

　　當收購企業以自身股權作為股權支付額支付時，收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定；當收購企業以控股企業股權作為股權支付額支付時，收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎，以作為支付對價的其控股企業股權的原有計稅基礎確定。

　　目前，還有一種說法，即“互為收購說”，認為59號文件可以理解為，A公司收購M公司的同時，其控股企業A1公司的股權也被收購，因此可以按照被收購股權A1公司的原計稅基礎1億元確認。筆者認為，這種說法是站不住腳的，在股權收購中，首先要確定收購企業和被收購企業，而被收購企業股權只有達到75%以上才符合特殊性稅務處理條件，而本例中A公司持有A1公司的股權只有51%，如果按照“互為收購說”，B公司收購A公司持有A1公司51%的股份顯然不符合特殊性稅務處理條件，因此可見“互為收購說”不成立。當然，在59號文件沒有修改之前，牽強的按照“互為收購說”解釋，也不失權益之計，但治本之策應當是對59號文件進一步修改完善。

　　以上案例以股權收購為例，在資產收購中，收購企業以控股企業股權作為支付對價，取得被收購資產的計稅基礎，也應比照上例確定。