1.配置不同：內部EAP是建立在企業內部，配置專門機構或人員，為員工提供服務。大型和成熟企業會建立內部EAP，而且由企業內部機構和人員加以實施，更貼近和了解企業及員工的情況，因而能及時有效地發現和解決問題。外部EAP由專業EAP服務機構操作。企業需要與服務機構簽訂合同，并安排1—2名EAP專員負責聯絡和配合。

2.成本不同：一般而言，內部EAP比外部EAP更節省成本。

3.信任程度不同：由于員工心理敏感和保密需求，對EAP的信任程度內部EAP可能不如外部EAP。

4.服務網絡不同：外部專業EAP服務機構往往有著廣泛的服務網絡，能夠為全國甚至全世界提供服務，這是內部EAP難以企及的。所以在實踐中，內部EAP和外部EAP往往結合使用。

5.建立周期不同：在沒有實施經驗以及專業機構指導、幫助下，企業想馬上建立內部EAP會很困難，所以絕大多數企業都是先實施外部EAP，然后建立內部的、長期的EAP。