土地糾紛調處的程序因爭議雙方的主體不同而有不同。依照我國《土地管理法》第十三條規定：

　　(一)土地所有權和使用權的爭議先由當事人協商解決。

　　(二)土地爭議雙方協商不成的，由當地人民政府土地管理部門進行調解，簽訂權屬地界協議書。

　　(三)協商、調解不成的，按《土地管理法》第十三條規定：全民所有制單位之間、集體所有制單位之間、全民所有制單位和集體所有制單位之間的土地所有權和使用權的爭議，由區，縣級以上人民政府做出處理決定。如屬個人之間、個人與全民所有制單位和集體所有制單位之間的土地使用權的爭議，由鄉級人民政府或區、縣級人民政府做出處理決定。

　　(四)發生嚴重的侵犯行為，引起重大的財產損失和人身事故，觸犯法律的可直接由人民檢察院或人民法院處理。

　　(五)跨越縣、市、省級行政管轄區的土地權屬爭議，各由其上一級人民政府處理。這類糾紛涉及面廣，情況復雜的，由省、直轄市、自治區人民政府或國務院的土地管理機關組織有關部門臨時組成仲裁委員會進行調解和裁決，并經所在省、直轄市、自治區人民政府或國務院批準執行。

　　(六)地方單位或個人與駐軍發生的土地權屬糾紛，由縣以上人民政府處理;如當事人雙方的土地跨縣、市、省的，參照上述規定處理。

　　(七)當事人對有關政府的處理決定不服的，根據《土地管理法》第十三條規定，可以在接到處理決定通知之日起30日內，向人民法院起訴。但土地所有權爭議解決之前，任何一方不得改變土地現狀，不得破壞地上附著物。

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