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臨床要求能正確進行口腔疾病的鑒別診斷，故臨床醫師必須掌握口腔各類疾病的主要臨床特點，熟悉各類口腔疾病間的鑒別要點，努力尋找診斷與鑒別診斷的依據，將該病被檢查到的病變特點與其他相似疾病的病變特點進行認真比較，并結合醫學基礎知識與臨床經驗進行綜合、分析、判斷，將可能性最大的診斷列為首位；其他診斷則依其可能性的大小順序列出。

注意：在進行口腔疾病的鑒別診斷中，尚需考慮以下幾種共同因素：

1.年齡因素某些疾病在不同年齡組，具有不同的發病率。比如復發性阿弗他潰瘍患者多好發于青壯年，而原發性皰疹性口炎則以6歲以下兒童多見，尤其是6個月至2歲更多。

2.性別因素某些口腔疾病的發病具有明顯的性別差異。如盤狀紅斑狼瘡多見于中青年女性，男女比例為1：2.

3.解剖因素解剖因素與部分口腔疾病的鑒別診斷密切相關。例如，下唇好發黏液囊腫，卻很少發生涎腺腫瘤；硬腭后部好發涎腺腫瘤，卻很少發生黏液囊腫。又如，腮腺腫瘤中，良性腫瘤約占80%，而舌下腺腫瘤則90%以上為惡性。

4.異病同型與同病異型的問題臨床上如存在多處及多種損害時應考慮：既可能是同時發生的獨立性疾病，也可能是同一疾病在不同部位、不同階段的不同表現。如復發性阿弗他潰瘍、白塞病、創傷性潰湯等均可出現口腔黏膜潰瘍；而扁平苔蘚則可同時表現為皮膚、黏膜的多處丘疹、白色條紋及糜爛。

5.全身性或系統性因素某些口腔黏膜病變表現與全身性或系統性因素關系密切，被稱為全身性或系統性疾病的口腔表征。因此，臨床醫師要有整體觀念，不要忽視貧血、白血病、血小板減少性紫癜、艾滋病等全身性或系統性的癥狀和體癥，以免漏診，貽誤治療。

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