注冊安全工程師的初始注冊時間包括以下幾個階段：

1.受理資料階段：需要20天。在這個階段，申請人提交的資料會被審核其真實性和完整性。

2.轉送到安全監管局階段：也需要20天。初審通過后，申請將被轉送到地方安全監管局進行復審，復審時會檢查申請人是否符合初始注冊條件以及是否具備執業能力。

3.批準并頒發證書階段：需要10天。如果申請被批準，申請人將在這段時間內獲得執業證書和印章。

因此，整體來看，注冊安全工程師的初始注冊時間大約需要50天。

不會。注冊安全工程師的資格證書在取得后是終身有效的，不會因為未進行注冊而作廢或被注銷。但是，根據相關規定，注冊安全工程師需要在取得職業資格證書后的五年內進行初始注冊。未注冊的安全工程師不能以相應級別的安全工程師名義進行執業，必須注冊后才能以安全工程師名義執業。